もう、解決してしまいましたか？
私も同じ現象に悩まされ、昔のバージョンには「ウインドウの固定」というオプションがあったように記憶していたことから、FileMakerでの解決方法を模索していましたが、なさそうなので諦めてApple Scriptで対処しています。
スクリプトエディタを開いて次のようなスクリプトを書き、アプリケーション化してDockに入れておきます。
必要に応じてクリックすれば、ほかのアプリケーションの実行中でも所定の位置に戻すことができます。

tell application "FileMaker Pro"
    do script "ウインドウの移動/サイズ変更スクリプト"
end tell

複数のウインドウを開いているときには、go toを使って目的のウインドウをトップにする必要があります。