そのテーブルをどのファイルに置くかはまた別の話で、1ファイル1テーブルにしてもいいです。これでしたら、あなたがいうレイアウトやスクリプトがごちゃごちゃせずにいいですよ。ただ、リレーションを設定するさいに、別のテーブルを参照するたびに外部データソースの設定が必要になるので面倒です。また、サーバーの中で複数のファイルになるので、その管理手間も増えます。ファイル数の上限もありますし。
自分だけが使うのでしたら関係ないですが、共有するファイルで、監理者以外にはファイルそのものを触って欲しくないならば、アクセス管理が必要になりますね。そのさいに、同じ設定を全てのファイルにしていく必要がでてきます。少なくとも、アクセス巻セットとアカウントを作らないといけないですね。さらに、パスワードを変更するのも、ファイルごとに同じ作業をすることになりますので、ユーザーからは文句が出るでしょう。1ファイル多テーブルでしたら、アカウントは1回の設定ですみますので、その面倒がなくなります。
ファイルメーカでテーブルを別にすることと、ファイルを別にすることの違いがわかりません。
メニューの管理のデータベースでテーブルを追加することができますね。
この追加したテーブルについては、レイアウトやスクリプトやリレーションが共通になりますね。フィールドとレコードは別になりますね。
納品書とその項目毎の納品書詳細ファイルなどは、テーブルで管理していますが、このテーブルで管理するメリットがもう一つわかりません。テーブルで管理するとレイアウトやスクリプトがごちゃごちゃになる気がします。